Buchhaltungssoftware fuer Online-Haendler 2026: 5 Tools

Fuenf Buchhaltungsprogramme im Vergleich

Die folgende Tabelle zeigt, welche Grundfunktionen die fuenf Programme mitbringen. Weiter unten gehen wir auf die E-Commerce-spezifischen Integrationen und Preise ein.

Preise netto, Stand Maerz 2026. Die Preise zeigen den guenstigsten verfuegbaren Tarif des jeweiligen Anbieters, nicht zwingend den E-Commerce-tauglichen Tarif. Details in der Preistabelle weiter unten.

Welche Integrationen bringt welches Programm mit?

Die Anbindung an Shopsysteme und Marktplaetze ist fuer Online-Haendler das Auswahlkriterium schlechthin. Hier unterscheiden sich die Programme deutlich.

sevDesk hat die breiteste Abdeckung mit neun nativen Integrationen (Amazon, eBay, Shopify, Shopware, ePages, xtCommerce, Magento, Etsy und Billbee als Middleware). Wer auf mehreren Plattformen gleichzeitig verkauft, hat hier am wenigsten Einrichtungsaufwand.

Lexware Office setzt staerker auf Partner-Apps. Fuer Shopify gibt es eine eigene App im Shopify App Store (10 USD/Monat). Andere Plattformen laufen ueber sync4 oder Zapier, was zusaetzliche Kosten verursacht.

BuchhaltungsButler punktet bei der Automatisierung: Das Transaction-ID-Matching gleicht Rechnungen automatisch mit Zahlungseingaengen ab. Wer viele hundert Transaktionen pro Monat verarbeitet, spart damit spuerbar Zeit.

Preise im Detail

Die Einstiegspreise aus der Vergleichstabelle oben taugen nur bedingt zur Orientierung. Fuer eine funktionierende E-Commerce-Buchhaltung brauchen Sie meistens einen hoeherwertigen Tarif. In der folgenden Tabelle sehen Sie, welcher Tarif welche Funktionen mitbringt.

Auffaellig: Papierkram hat zwar den guenstigsten EUeR-Tarif (9,90 EUR/Monat), bietet aber keine E-Commerce-Schnittstellen. Fuer reine Offline-Freiberufler ist das attraktiv, fuer Online-Haendler aber unbrauchbar. Mehr dazu unter Buchhaltungssoftware fuer Freiberufler.

Warenwirtschaft, Buchhaltung, ERP: Was brauchen Sie wirklich?

Online-Haendler verwechseln diese drei Begriffe oft. Die Unterschiede sind allerdings relevant fuer die Softwareauswahl:

In der Praxis kombinieren viele Haendler zwei separate Programme: Eine Warenwirtschaft wie Billbee fuer Bestellabwicklung und Versand, und eine Buchhaltungssoftware fuer die Finanzbuchhaltung. Billbee leitet die Rechnungsdaten dann automatisch an sevDesk, FastBill oder BuchhaltungsButler weiter.

Wer alles in einem Programm moechte, kann sevDesk Warenwirtschaft nutzen (39,50 EUR/Monat). Das Programm deckt dann Rechnungen, Buchhaltung und Warenwirtschaft ab, hat aber bei Lagerbestandsfuehrung und Versandsteuerung Grenzen gegenueber spezialisierten WaWi-Systemen.

Wann reicht Billbee allein?

Billbee taucht in der Integrationsmatrix oben mehrfach als Middleware auf, ist aber selbst eine vollwertige Warenwirtschaft. Fuer viele kleine und mittlere Haendler genuegt Billbee als Zentrale: Es zieht Bestellungen aus Amazon, eBay, Etsy, Shopify, WooCommerce und Kaufland zusammen, schreibt Rechnungen und steuert den Versand. Die eigentliche Finanzbuchhaltung uebernimmt es jedoch nicht. Billbee exportiert die Rechnungsdaten an sevDesk, FastBill oder BuchhaltungsButler, dort entstehen EUeR, Umsatzsteuer-Voranmeldung und DATEV-Export. Wer also bereits eine Buchhaltungssoftware mit DATEV-Anschluss hat und nur die Multi-Channel-Abwicklung sucht, fuer den ist Billbee oft die guenstigere Bruecke als eine Buchhaltungssoftware mit eigener WaWi. Sobald jedoch Lagerhaltung in mehreren EU-Laendern oder Produktion hinzukommt, stoesst Billbee an Grenzen, und ein ERP-System wird sinnvoll.

Amazon FBA: Was bei der Buchhaltung anders ist

Amazon FBA (Fulfillment by Amazon) bedeutet, dass Amazon Ihre Waren lagert, verpackt und versendet. Das klingt bequem, macht die Buchhaltung aber komplizierter, weil Amazon verschiedene Gebuehren verrechnet:

• Verkaufsprovision (Referral Fee), je nach Kategorie 7-15 % des Verkaufspreises
• Versand- und Verpackungsgebuehren (FBA Fee), abhaengig von Groesse und Gewicht
• Lagergebuehren (Storage Fee), monatsweise nach Kubikmeter
• Langzeitlagergebuehren fuer Ware, die laenger als 365 Tage im Lager liegt

All diese Posten stehen in den sogenannten Settlement Reports, die Amazon alle 14 Tage erstellt. Spezialisierte Tools wie AMAINVOICE (ab 43 EUR/Monat fuer bis zu 200 Belege) importieren diese Reports und erzeugen daraus saubere Buchungssaetze, die Sie per DATEV-Export an Ihren Steuerberater weitergeben koennen.

Wer nur vereinzelt ueber Amazon verkauft (weniger als 50 Bestellungen/Monat), kann die Settlement Reports auch manuell in sevDesk oder Lexware Office importieren. Die native Amazon-Integration von sevDesk erledigt das automatisch.

Dropshipping: Worauf es bei der Buchhaltung ankommt

Beim Dropshipping verschickt der Lieferant die Ware direkt an den Endkunden, Sie halten kein eigenes Lager. Buchhalterisch heisst das: Sie verbuchen keine Wareneinkaeufe ins Lager, sondern Lieferanten-Rechnungen je Bestellung, oft aus dem EU-Ausland oder aus Drittlaendern. Zwei Punkte sind dabei heikel. Erstens das Reihengeschaeft, wenn Ware ueber eine Grenze geht und mehrere Parteien beteiligt sind: Hier entscheidet die Lieferkette, wer wo Umsatzsteuer schuldet. Zweitens der Vorsteuerabzug bei auslaendischen Lieferanten, der eine korrekte Rechnung mit gueltiger USt-IdNr voraussetzt. sevDesk und BuchhaltungsButler bilden die laufende Belegerfassung ab; die umsatzsteuerliche Einordnung des Reihengeschaefts gehoert jedoch in die Haende eines Steuerberaters.

Das OSS-Verfahren: EU-Umsatzsteuer fuer Online-Haendler

Wer an Privatkunden in anderen EU-Laendern verkauft, muss ab einer bestimmten Umsatzschwelle die Umsatzsteuer im jeweiligen Empfaengerland abfuehren. Seit Juli 2021 gibt es dafuer das OSS-Verfahren (One-Stop-Shop), das die Meldung vereinfacht.

Die 10.000 EUR-Schwelle ist schnell ueberschritten. Wer auch nur einige hundert Euro pro Monat nach Oesterreich, Frankreich oder in die Niederlande verkauft, liegt nach wenigen Monaten darueber. Die IHK Muenchen empfiehlt, sich fruehzeitig fuer das OSS-Verfahren zu registrieren, auch wenn die Schwelle noch nicht erreicht ist, denn die Registrierung ist kostenlos.

Reicht sevDesk oder BuchhaltungsButler, oder braucht man ein Steuer-Spezialtool?

Fuer die meisten Haendler mit ein bis zwei Verkaufslaendern decken sevDesk und BuchhaltungsButler den OSS-Bedarf ab: Sie erstellen die noetigen Auswertungen, aus denen sich die OSS-Meldung befuellen laesst. Wer dagegen in mehreren EU-Laendern lagert (etwa Amazon PAN-EU mit Warenlagern in Polen oder Tschechien) und zusaetzlich IOSS fuer Drittland-Importe braucht, stoesst hier an Grenzen. Fuer dieses Cross-Border-Szenario haben sich spezialisierte Steuer-Tools wie taxdoo etabliert, die jede Lagerbewegung umsatzsteuerlich bewerten. Solche Tools sind teurer und richten sich an Haendler mit hohem Auslandsumsatz, nicht an den durchschnittlichen Shopify-Shop.

E-Rechnungspflicht: Was sich fuer Online-Haendler aendert

Formate wie ZUGFeRD und XRechnung werden dabei zum Standard. Alle fuenf in diesem Vergleich aufgefuehrten Programme koennen E-Rechnungen empfangen und erstellen. Wer ueberwiegend B2C verkauft (also an Privatkunden), ist beim Versand weniger betroffen. Aber sobald Sie an gewerbliche Kunden (B2B) verkaufen, muessen Sie ab 2027 oder 2028 E-Rechnungen versenden.

Mehr zur GoBD-konformen Buchhaltung und den rechtlichen Anforderungen.

Empfehlung nach Situation

Steuerberater-Zusammenarbeit

Gerade bei E-Commerce mit EU-Verkaeufen und Amazon-Gebuehrenstrukturen ist ein Steuerberater mit E-Commerce-Erfahrung sinnvoll. Die DATEV-Schnittstelle ist dabei das Bindeglied: Alle fuenf Programme in diesem Vergleich bieten DATEV-Export.

sevDesk und BuchhaltungsButler gehen einen Schritt weiter und bieten einen Steuerberater-Zugang, ueber den Ihr Berater direkt in der Software arbeiten kann, ohne dass Sie Daten manuell exportieren muessen. Das spart bei der monatlichen Buchhaltung einige Stunden Abstimmungsaufwand.

Eine Aufschluesselung aller Tarife finden Sie im Kostenvergleich der Buchhaltungssoftware.

Datensicherheit im E-Commerce

Online-Haendler verarbeiten Zahlungsdaten, Kundenadressen und Bestellhistorien. Ein Datenleck kann neben dem Imageschaden auch zu DSGVO-Bussgeldern fuehren. Alle Cloud-Buchhaltungsprogramme in diesem Vergleich hosten ihre Daten in deutschen Rechenzentren und verschluesseln die Uebertragung. Einen vollstaendigen Schutz bieten sie aber nicht.

Wer Kundendaten im groesseren Umfang verarbeitet, sollte ueber eine Cyberversicherung fuer Online-Haendler nachdenken. Sie uebernimmt Kosten fuer IT-Forensik, Benachrichtigung betroffener Kunden und Betriebsunterbrechung nach einem Cyberangriff. Wie eine solche Police aufgebaut ist, lesen Sie auf unserer Seite zur Cyberversicherung.

Auch eine Berufshaftpflichtversicherung kann relevant sein, etwa wenn Sie als E-Commerce-Berater fuer andere Haendler taetig sind oder wenn durch fehlerhafte Produktdaten Schaeden bei Kunden entstehen.

Fuer wen eignet sich E-Commerce-Buchhaltungssoftware?

Wenn keines der fuenf Programme zu Ihrem Setup passt, lohnt ein Blick auf die Buchhaltungssoftware-Uebersicht oder den Vergleich fuer KMU.

Fazit

Onlinehaendler brauchen eine Buchhaltungssoftware, die mit Shopanbindung, automatischer Umsatzsteuerberechnung und Versanddienstleister-Integration umgehen kann. Standard-Loesungen fuer Freiberufler reichen hier nicht aus.

Vergleichen Sie die E-Commerce-Funktionen der Anbieter in unserer Uebersicht und achten Sie auf Schnittstellen zu Ihrem Shopsystem (Shopify, WooCommerce, Amazon).